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SARS-CoV-2: PCR, Carga Viral y CTs

No cabe ninguna duda de que la PCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa) está siendo la prueba estrella de esta pandemia, empleándose ampliamente a nivel mundial para la identificación del SARS-CoV-2.

En Life Length tenemos múltiples posts en los que explicamos como funciona la PCR, pero, a modo de resumen, esta técnica principalmente aísla y amplifica el ARN viral, de tal manera que se realizan varios ciclos de amplificación para producir una cantidad detectable del material genético.

A los ciclos de amplificación mínimos para detectar el ARN se les denomina CTs (Cycle Thresholds o Valor Umbral del Ciclo).

En nuestros informes, podrán encontrar 3 valores distintos de CTs debido a que nuestra PCR detecta y amplifica 3 regiones diferentes del genoma del coronavirus – ORF 1ab, N Protein y S Protein – a diferencia de otros laboratorios que detectan solo 2 regiones.

También encontrarán en nuestros informes un apartado en el que se indica la carga viral que resulta de calcular la media ponderada de las CTs de cada gen.

De esta manera, a mayor número de ciclos necesarios para detectar un gen, menos cantidad de este gen hay en la muestra inicial. Por lo tanto, se puede decir que el valor de CT proporciona una medida inversa de la siguiente manera:

  • Valores entre 0 y 25: Alta carga viral
  • Valores entre 25 y 32: Carga viral media
  • Valores mayores de 32: Carga viral baja

Por consiguiente, como indicamos en nuestros informes de resultados, los números más bajos de CT indican una carga viral más alta, lo que significa un caso más grave; mayor capacidad de contagio y, en general, mayor tiempo para recuperarse y obtener un resultado no contagioso (negativo).

 

¿Por qué indicamos la viralidad y los CTs en nuestros informes? ¿Qué nos ha llevado a dar este nivel de detalle que otros laboratorios no dan?

Como ya han comunicado en medios expertos sobre el tema como el Dr. Julio García portavoz de la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas Microbiología (Seimc): “Una mayor carga viral lleva aparejada una mayor infectividad: hay más cantidad del virus y es más probable que esos virus lleguen a un huésped susceptible.”

Lógicamente, una mayor capacidad de infección conlleva un mayor número de contagios potenciales, más si no se siguen las medidas de prevención adecuadamente.

Conocer nuestra propia capacidad de infección, puede resultar fundamental para prevenir nuevas infecciones a nuestro alrededor.

Además, los 3 valores diferenciados de CT puede resultar útiles en la identificación de las cepas o, mejor dicho, variantes que están apareciendo estos últimos meses.

En España hasta el momento se han detectado 2 variantes del COVID-19; la variante británica y la sudafricana. Aunque mantienen intactas las regiones N Protein y ORF1ab, ambas variantes presentan mutaciones en la región del gen S Protein que provocan que éste sea indetectable. Esto conlleva que se den muestras positivas en SARS-CoV-2 sin el gen S Protein – que no se amplifique en ningún ciclo- dándose CTs de esta región con valores altísimos o indeterminados. Es decir, si se observa alta carga viral en N Protein y ORF1ab, pero baja o indeterminada en S Protein, lo más probable es que se trate de una muestra de un paciente infectado por las variantes sudafricana o británica.

Para más información sobre las nuevas variantes, pueden consultar nuestro anterior blog sobre este tema.

Aunque actualmente haya un debate abierto dentro de la comunidad científica sobre la utilidad del valor de CT (dado que es una medida imperfecta), lo que está claro es que tener una carga viral más alta está asociado con ser más infeccioso y que el valor de CT es la única herramienta que nos da la PCR para determinar esa carga viral.

 

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