La prueba RT-PCR es la forma más segura de conocer si hay infección o no actual por bacterias de la familia de Borrelia.

Consiste en la detección y amplificación del material genético específico de 7 cepas de esta bacteria (B. burgdorferi sensu stricto, B. garinii, B. afzelii, B. andersonii, B. bissettii, B. valaisiana, B. lusitaniae, B. japonica, B. tanukii, B. turdi, B. sinica, B. mayonii, B. spielmanii, B. bavariensis, B. kurtenbachii, B. miyamotoi).